Klubi nõukogu valitakse kaheks aastaks avaliku konkursiga klubi liikmesorganisatsioonide esindajate hulgast. Tänane nõukogu asus ametisse 2024. aasta märtsi alguses.
Nõukogu ülesanne on seada klubi arenguambitsioone ja -eesmärke, aidata kujundada klubi ürituste ja tegevuste sisu, arendada klubi rahvusvahelist koostööd ja võrgustikku ning hinnata klubi tegevuse mõju ja loodavat väärtust.
2024. aastal on Innovatsiooniliidrite Klubi nõukogul fookuses Innotrepi tööriista arendamine, rakendamine ja turundus, klubi väärtuspakkumise uuendamine ja selle realiseerimise mõõtmine ning tagasiside.